Powstała w Neapolu, w XVII wieku, a według niektórych źródeł nawet wcześniej, była jedzeniem dla ubogich, przyrządzanym na ulicach przez tzw. pizzaioli.

Jej wyjątkowy smak sprawił, że jej popularność szybko przekroczyła granice ubogich dzielnic we Włoszech.

W XVIII wieku pizza stała się ulubionym daniem samej królowej Neapolu, Marii Karoliny Habsburg i zaczęto ją piec również na dworze króla Ferdynanda IV.

W 1889 roku, w Neapolu rozpoczęła się historia współczesnej margherity. Stworzył ją znany lokalny pizzaiolo Raffaele Esposito, dla uczczenia królewskiej pary przebywającej w tym czasie na wakacjach w Neapolu.

Król Umberto I i jego żona królowa Małgorzata Sabaudzka (Margherita di Savoia) zostali poczęstowani trzema różnymi pizzami.

Jednak najbardziej przypadła im do gustu pizza ze składnikami reprezentującymi narodowe barwy Włoch – z pomidorami, serem mozzarella i z bazylią.

Raffaele Esposite zadedykował tę pizzę królowej, nazwał ja Pizza Margherita i tym samym ustanowił znany do dziś standard jej wypieku oraz ustanowił jednoznacznie Neapol jako ojczyznę i światową stolicę pizzy.

Pizza neapolitańska jest od 2009 r. zastrzeżona przez Komisję Europejską jako wyrób tradycyjny, z certyfikatem gwarantowanej tradycyjnej specjalności TSG (traditional speciality guranteed). Można wyrabiać ją tylko wg ściśle określonej receptury i warunków z zastosowaniem odpowiednich produktów.